La historia de esta entrega animada comienza cuando los Niños Elegidos (entre otros muchos niños de su edad) reciben un mensaje en sus móviles que les cita a las 18:00 p.m. en la estación de tren. Allí suben a unos extraños trenes (para más tarde descubrir que se trata de Trailmons, unos trenes especiales que circulan por todo el Mundo Digital). Al llegar al Digimundo llegan a la Estación de la Llama, en la Aldea del Fuego y se encuentran con un par de digimons llamados Bokomon y Neemon, quienes les guiarán por el digimundo para derrotar a Kerpymon. Recibirán la ayuda de los Guerreros Legendarios quienes intentan salvar el digimundo. Al llegar, sus móviles se transforman en digivices (D-Tectors) que tienen la cualidad de albergar los Espíritus Digitales, capaces de transformar a los niños en Digimons. Pelean con otros cinco Guerreros Legendarios (aunque uno realmente es Kouichi el hermano gemelo de Koji, quien luego se les une) que estaban al mando de Kerpymon y tenían los otros cinco Espíritus Digitales. Con sus poderes, estaban destruyendo el digimundo y juntando el Digi-Código de este para hacer más fuerte a Kerpymon.

Después de lograr juntar todos los Espíritus Legendarios (Incluidos los de tipo Animal y los de los otros cinco guerreros) en Takuya y Koji, aparecen los llamados "Hiperspirits", transformándose en "Kaisergreymon" y "Magnagarurumon"; acaban con Kerpymon, que en realidad estaba siendo usado por Lucemon. Pero se dan cuenta que el Mundo Digital no solo no se ha recuperado, sino que sigue desapareciendo, y es aquí cuando aparecen los Caballeros de la realeza, los cuales trabajan para Lucemon, un ángel que terminó con la guerra entre digimons pero fue corrompido por el poder; vencido por los 10 Guerreros Legendarios; y encerrado el lo más profundo del Mundo Digital (el Área Oscura). Lucemon necesita del Digi-Código para salir de su encierro, lo cual logra gracias a los Caballeros Reales. Al final, gracias a la unión de todos los niños (excepto Kouichi cuyo espíritu fue absorbido por Lucemon), en los Digispirits Emperador y fusionándolos crean a "Susanomon" y acaban por fin con Lucemon, dejando el Digimundo nuevamente en manos de los Guerreros Legendarios de los Tres Grandes Ángeles. Cuando los niños regresan al Mundo Humano, descubren que no ha pasado ni un día desde que se fueron. Luego descubren que Kouichi sigue con vida, pero está en coma, por lo que los Digivices sacrifican su poder para revivirlo y vuelven a ser simples teléfonos móviles; más tarde los niños empiezan una nueva vida, cada uno corrigiendo sus defectos personales.